Genomic and Functional Characterization of Heat Shock Protein Families in Jujube Genome (Ziziphus jujuba) by in silico Methods
Yazarlar (4)
Dr. Öğr. Üyesi Yusuf Ceylan Kastamonu Üniversitesi, Türkiye
Dr. Öğr. Üyesi Kevser Betül Ceylan Kastamonu Üniversitesi, Türkiye
Prof. Dr. Yasemin ÇELİK ALTUNOĞLU Kastamonu Üniversitesi, Türkiye
Prof. Dr. Mehmet Cengiz BALOĞLU Kastamonu Üniversitesi, Türkiye
| Makale Türü |
Özgün Makale
(Diğer hakemli uluslarası dergilerde yayınlanan tam makale)
|
||
| Dergi Adı | KASTAMONU UNIVERSITY JOURNAL OF FORESTRY FACULTY | ||
| Dergi ISSN | 1303-2399 Wos Dergi | ||
| Dergi Tarandığı Indeksler | TR DİZİN | ||
| Makale Dili | İngilizce | Basım Tarihi | 01-2021 |
| Kabul Tarihi | 11-10-2021 | Yayınlanma Tarihi | 31-12-2021 |
| Cilt / Sayı / Sayfa | 21 / 3 / 277–0 | DOI | 10.17475/kastorman.1049963 |
| Makale Linki | https://dergipark.org.tr/en/pub/kastorman/issue/67398/1049963 | ||
| UAK Araştırma Alanları |
Biyoteknoloji
Moleküler Biyoloji
|
||
| Özet |
| Çalışmanın amacı : Bu çalıĢmada, genomic yöntemler kullanarak hünnap genomunda yer alan Hsp genlerini tanımlamak ve karakterize etmek amaçlanmıĢtır. Materyal ve yöntem : NCBI veritabanı kullanılarak Hsp genlerinin protein dizileri elde edilmiĢtir. Genlerin ekzon-intron bölgelerinin tespiti, GSDS program ile yapılmıĢtır. Hsp proteinlerinin korunmuĢ motiflerini ve tahmini üç boyutlu yapılarını tanımlamak için sırasıyla MEME-SUITE ve PHYRE2 programı kullanılmıĢtır. Hsp transkriptlerini hedefleyen miRNA'lar, psRNATarget Server veritabanı kullanılarak tanımlanmıĢtır. Hsp proteinlerinin moleküler fonksiyonu, hücresel bileĢeni ve biyolojik fonksiyonları Blast2GO program ile sunulmuĢtur. Hsp proteinlerinin evrimsel iliĢkilerini belirlemek amacı ile ClustalW yazılımı ile dizi hizalaması yapılmıĢ ve ardından MEGAX program ile filogenetik ağaç çizilmiĢtir. Temel sonuçlar: Hünnap genomunda toplam 474 gen tanımlanmıĢ ve genler çoğunlukla 1. ve 2. kromozomda dağılım göstermiĢtir. Hsp proteinlerinin amino asit uzunluğu 75 aa (ZjuHsp100-117) ile 2577 aa (ZjuHsp40-104 ve ZjuHsp40-157) arasında değiĢim göstermiĢtir. ZjuHsp proteinlerinin tahmini üç boyutlu yapısında α-sarmal yapısının baskın olduğu görülmüĢtür. Proteinlerin evrimsel iliĢkilerini saptamak için oluĢturulan filogenetik ağaçta, ZjuHsp100 ve ZjuHsp60 grup proteinlerin sekiz ana gruba ayrıldığı gözlenmiĢtir. ZjuHsp proteinlerinin esas olarak hücre kısımlarında, zarlarda, ve organellerde bulunduğu tespit edilmiĢtir. ZjuHsp transkriptlerini hedef alan miRNA'lardan 313'ünün ZjuHsp100 genlerini hedeflediği bulunmuĢtur. Araştırma vurguları : Bu çalıĢma, karĢılaĢtırmalı ve fonksiyonel genomic çalıĢmalar yapmak isteyen araĢtırmacılara yardımcı olmaktadır. |
| Anahtar Kelimeler |
| Heat Shock Proteins (Hsp) | Ziziphus jujuba | Genome Wide Identification | Gene Ontology Analysis | Phylogenetic Tree |
BM Sürdürülebilir Kalkınma Amaçları
| Atıf Sayıları | |
| Web of Science | 2 |
| Google Scholar | 1 |