| Yazarlar |
Yusuf Ceylan
Türkiye |
|
Kevser Betül Ceylan
Türkiye |
Prof. Dr. Yasemin ÇELİK ALTUNOĞLU
Kastamonu Üniversitesi, Türkiye |
Prof. Dr. Mehmet Cengiz BALOĞLU
Kastamonu Üniversitesi, Türkiye |
| Özet |
| Çalışmanın amacı : Bu çalıĢmada, genomic yöntemler kullanarak hünnap genomunda yer alan Hsp genlerini tanımlamak ve karakterize etmek amaçlanmıĢtır. Materyal ve yöntem : NCBI veritabanı kullanılarak Hsp genlerinin protein dizileri elde edilmiĢtir. Genlerin ekzon-intron bölgelerinin tespiti, GSDS program ile yapılmıĢtır. Hsp proteinlerinin korunmuĢ motiflerini ve tahmini üç boyutlu yapılarını tanımlamak için sırasıyla MEME-SUITE ve PHYRE2 programı kullanılmıĢtır. Hsp transkriptlerini hedefleyen miRNA'lar, psRNATarget Server veritabanı kullanılarak tanımlanmıĢtır. Hsp proteinlerinin moleküler fonksiyonu, hücresel bileĢeni ve biyolojik fonksiyonları Blast2GO program ile sunulmuĢtur. Hsp proteinlerinin evrimsel iliĢkilerini belirlemek amacı ile ClustalW yazılımı ile dizi hizalaması yapılmıĢ ve ardından MEGAX program ile filogenetik ağaç çizilmiĢtir. Temel sonuçlar: Hünnap genomunda toplam 474 gen tanımlanmıĢ ve genler çoğunlukla 1. ve 2. kromozomda dağılım göstermiĢtir. Hsp proteinlerinin amino asit uzunluğu 75 aa (ZjuHsp100-117) ile 2577 aa (ZjuHsp40-104 ve ZjuHsp40-157) arasında değiĢim göstermiĢtir. ZjuHsp proteinlerinin tahmini üç boyutlu yapısında α-sarmal yapısının baskın olduğu görülmüĢtür. Proteinlerin evrimsel iliĢkilerini saptamak için oluĢturulan filogenetik ağaçta, ZjuHsp100 ve ZjuHsp60 grup proteinlerin sekiz ana gruba ayrıldığı gözlenmiĢtir. ZjuHsp proteinlerinin esas olarak hücre kısımlarında, zarlarda, ve organellerde bulunduğu tespit edilmiĢtir. ZjuHsp transkriptlerini hedef alan miRNA'lardan 313'ünün ZjuHsp100 genlerini hedeflediği bulunmuĢtur. Araştırma vurguları : Bu çalıĢma, karĢılaĢtırmalı ve fonksiyonel genomic çalıĢmalar yapmak isteyen araĢtırmacılara yardımcı olmaktadır. |
| Anahtar Kelimeler |
| Makale Türü | Özgün Makale |
| Makale Alt Türü | Ulusal alan endekslerinde (TR Dizin, ULAKBİM) yayımlanan tam makale |
| Dergi Adı | Kastamonu University Journal of Forestry Faculty |
| Dergi ISSN | 1303-2399 |
| Dergi Tarandığı Indeksler | TR DİZİN |
| Makale Dili | İngilizce |
| Basım Tarihi | 10-2021 |
| Cilt No | 21 |
| Sayı | 3 |
| Sayfalar | 277 / 294 |
| Makale Linki | https://dergipark.org.tr/en/pub/kastorman/issue/67398/1049963 |
